5世紀ごろに創建されたと言われており、丑の刻(午前1時~午前3時ごろ)に貴船明神が貴船山に降臨した、との由緒から丑の刻に参拝すると願いが成就するとされています。水の供給を司る神、「たかおかみのかみ」を祀っており、古来から現代まで、全国の農漁業や、醸造業者ら、水を取り扱う職業の人々が厚く信仰しています。また、平安時代の女流歌人和泉式部も参詣し、不和となった夫との復縁が叶ったという伝説から、えんむすびの神として、若い世代からも崇敬を集めています。その一方で、宇治の橋姫が貴船神社の奥宮(おくのみや)に丑の刻参りをし、嫉妬の呪いをかけたという伝説も併せ持ち、縁切りの神としても信仰されています。小説や漫画の「陰陽師」の影響もあり、人気を高めており、紅葉の名所としても有名です。